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根据《国务院关于贯彻实施<中华人民共和国行政强制法>的通知》（国发[2011]25号）要求，农业部对规章和规范性文件进行了全面清理，决定对以下5件规章和规范性文件进行修订。
一、农业行政处罚程序规定(2006年4月25日农业部令第63号公布)
1.第三十一条第三款修改为“农业行政处罚机关可以依据有关法律、法规的规定，对涉案场所、设施或者财物采取查封、扣押等强制措施”。
2.第三十二条修改为“农业行政处罚机关对证据进行抽样取证、登记保存或者采取查封、扣押等强制措施，应当通知当事人在场；当事人拒绝到场或签名盖章的，应当在笔录中注明，并邀请其他人员到场见证和签名盖章。农业行政处罚机关实施查封、扣押等强制措施的，还应当遵守《行政强制法》的有关规定”。
“对涉案的抽样取证、登记保存、查封扣押的物品，应当制作《抽样取证凭证》、《证据登记保存清单》、《查封（扣押）决定书》和《查封(扣押)清单》”。
二、农业行政执法文书制作规范（2006年5月9日农业部农政发[2006]4号文件发布）
1.第二十五条、第二十六条中的“查封（扣押）通知书”统一修改为“查封(扣押)决定书”,“解除查封（扣押）通知书”统一修改为“解除查封（扣押）决定书”。
2.第二十五条第二款修改为“查封（扣押）决定书应当载明下列事项：
（一）当事人的姓名或者名称、地址；
（二）查封、扣押的理由、依据和期限；
（三）查封、扣押场所、设施或者财物的名称、数量等；
（四）申请行政复议或者提起行政诉讼的途径和期限；
（五）行政机关的名称、印章和日期。
查封、扣押清单一式二份，由当事人和行政机关分别保存”。
三、中华人民共和国植物新品种保护条例实施细则（农业部分）（1995年2月25日农业部令第5号发布，1997年12月25日农业部令第39号修订，2004年7月1日农业部令第38号修订）
第五十八条修改为“农业行政部门根据《条例》第四十一条的规定对封存或者扣押的植物品种繁殖材料，应当在三十日内做出处理；情况复杂的，经农业行政部门负责人批准可以延长，延长期限不超过三十日”。
四、黄渤海、东海、南海区渔业资源增殖保护费征收使用暂行办法(1989年10月27日农业部、国家物价局发布,1997年12月25日农业部令第39号修订,2001年12月10日农业部令第5号第二次修订)
第十条修改为“凡不按期缴纳渔业资源费者，海区渔政分局可申请人民法院强制执行”。
五、渔港费收规定（1993年10月7日农业部、国家计委[1993]农（渔政）字第15号发布）
第十四条修改为“渔业船舶应在规定的期限内缴纳渔港费用，逾期不缴纳的，渔港监督机关可以申请人民法院强制执行,并可禁止其离港”。
