食品安全表现在两个方面，一个是数量安全，一个是质量安全。食品安全是食物中有毒、有害物质对人体健康影响的公共卫生问题。国际上食品安全事件不断发生，如发生在欧洲的疯牛病，发生在日本、欧洲、美洲的O157：H7食物中毒，发生在日本的“雪印”牛奶葡萄球菌食物中毒，发生在比利时的二恶英污染事件等。致病性微生物引起的食源性疾病是主要的食品安全问题，1993～1997年美国食源性疾病暴发监测结果显示，96.6%的死者死于细菌性疾病。食品安全问题所造成的经济损失重大。美国每年有7200万人患食源性疾病，损失3500亿美元；英国因疯牛病，牛肉和其制品出口受阻，每年损失达52亿美元，因宰杀“疯牛”损失高达300亿美元；比利时发生的二恶英污染事件损失达13亿欧元。食品安全造成的贸易纠纷频繁，如WTO的欧盟与美国、加拿大激素牛肉案历时4年，美、加每年经济损失分别为1.16亿美元和1130万加元；欧盟向美、加出口税增加100%（惩罚性）；一个国家打官司的费用高达每年数十万美元。食品安全事件还造成了严重的政治后果。如二恶英事件使欧洲乳、鸡、牛肉等食品的出口在全球范围内受阻，造成比利时政府内阁倒台(1999年)；德国因发生疯牛病导致卫生和农业部长辞职(2001年)。
我国正处于经济转型期，食品安全问题有自己的特点，主要表现在：新老问题并存，如不卫生的加工过程和工业化的养鸡场；源头污染，千百万个体农民生产农产品；中小型食品生产企业为主，大多数中国人消费的食品是由中小型企业生产的，而同时，大型、现代化食品生产企业正在逐步增加。我国的食品安全问题主要有食源性疾病，化学性危害，包括缺少某些化学污染物的本底数据，即“家底不清”，出口食品受阻，食品安全标准滞后于食品生产发展，不同地区和不同企业之间存在巨大差别。致病微生物引起的食源性疾病危害巨大，1980年发生在上海的食源性甲型肝炎造成30万人受害；2001年发生在江苏、安徽等地的大肠杆菌O157:H7食物中毒造成2万人中毒，177人死亡；1999年发生在宁夏的沙门氏菌食物中毒造成超过1000人中毒。2001年卫生部共收到食物中毒暴发报告706起，发病22193例，死亡184例。根据世界卫生组织估计，发达国家食源性疾病的漏报率在90%以上，而发展中国家则为95%以上。以此推论，我国目前掌握的食物中毒数据仅为实际发生的食源性疾病的“冰山一角”。
目前我国面临着食品安全的严峻挑战，主要表现在解决温饱问题后人们对食品安全的需求大大增加，加入WTO后国际食品贸易规则的要求以及深化农业生产的改革和提升食品生产经营行业水平的要求。面对挑战，中国政府采取了积极的措施：新成立了国家食品药品监督管理局；科技部斥资1.5亿元，于2002年启动了“十五”国家重大科技专项《食品安全关键技术研究》（2002～2005）；正在起草“食品安全法”；增（修）订国家食品安全法规和标准，向国际标准靠拢，如采用国际食品法典标准及危险性分析的原则；加强国际间合作，寻求国际技术援助；加强国家食品安全控制体系，如卫生部的全国食品污染监测网、农业部的农产品的源头监控、国家质检总局食品的市场准入控制；加强食品生产企业的自身管理，包括良好操作规范(GMP )和关键控制点危害分析( HACCP )等；通过媒体传播正确的科学信息。
