食品农产品认证的作用和意义归纳起来主要是以下几个方面：
（一）充分利用社会资源，实现认证全过程监管，切实保障食品安全。我国食品安全监管采用由不同政府部门分段管理的模式,而认证可以贯穿种植、养殖、加工、储存、运输、销售等各个环节，且要求认证机构必须实施有效的认证后跟踪监督，可以弥补食品安全行政监管资源的不足和可能存在的漏洞，有力保障食品安全。
（二）改善农村环境，促进生态文明建设，实现农业可持续发展。食品农产品认证制度提倡或强制要求不使用或少使用化肥、农药、食品添加剂等投入物质，有利于减少面源污染，保护农村环境，转变生产方式，实现农业可持续发展。
（三）调整农业结构，提高农民收入，促进农产品出口。经认证的产品在市场上销售时可以获得更多附加值，良好农业规范认证、有机产品认证、危害分析与关键控制点体系认证等与国际接轨的认证形式还可顺利突破国际贸易技术壁垒，使产品更顺利地进入国际市场。
