针对目前制约我国农产品加工业发展的主要技术问题，重点围绕“发展优质专用原料；开发新工艺、新技术和新装备；提高综合开发利用程度；提高标准化和产品质量水平；开发技术含量高、市场适销对路和竞争力强的品牌产品，不断扩大市场需求”等目标要求，农业部确定农产品加工业优先发展领域和发展方向。
稻米加工重点领域和发展方向：一是研究、生产有良好市场前景的发芽糙米、留胚米、高纯度米蛋白、米淀粉脂肪替代物、米糠多糖、米糠油、稻壳可降解环保餐盒等高附加值产品；二是研究开发米饭、米线、营养强化米等传统大米主食品的加工技术与装备；三是研究与建立稻谷加工标准体系、全程质量控制体系和快速检测体系。至2010年，日处理稻谷100吨以上碾米企业加工量占总加工量的比例达到45%以上，标准一等以上大米占总量90%左右，优质品牌大米供应量占全国城镇大米年消费总量的15%—20%左右。
小麦加工重点领域和发展方向：一是适合加工面包、饼干、蛋糕、馒头和面条等加工专用小麦品种的筛选和优质原料示范基地建设；二是优先发展食品专用粉、营养强化面粉、预配粉以及重点发展传统面制主食品工业化生产与应用，实现中式配餐、学生营养配餐及大众面制主食品的工业化生产；三是开展小麦加工副产品综合利用，开发高附加值产品。培育和发展我国小麦加工业龙头企业，打造全国名牌产品，提高产业规模效益和集约化程度。至2010年，小麦专用粉加工量达到面粉总加工量18%左右。日处理小麦200吨以上的面粉企业加工量占总加工量的比例达到50%；小麦副产品及综合利用率提高到10%左右。
油菜加工重点领域和发展方向：一是发展高产“双低”、专用高芥酸、高油酸、高硬脂酸等品种，建立加工专用原料基地；二是开发和推广菜籽干法脱皮、低温冷榨、膨化浸出、低温脱溶、物理精炼等制油新技术、新设备，减少环境污染，提高产品质量，降低能耗；三是利用菜籽饼粕、皮壳等副产品，开展综合利用技术研究，开发生物柴油、润滑油、油墨涂料等新产品；四是研究与建立油菜加工标准体系、质量控制体系与检验检测体系，提高产品的质量与安全水平。至2010年，油菜籽加工设备国产化能力由70%提高到90%左右，脱皮、低温压榨、膨化浸出等制油新技术得到推广应用。
