臭氧是一种高效杀菌消毒物质，具有杀菌速度快、效率高、无死角、环保安全、消毒成本低、使用方便等特点，在药品、食品生产中，具有十分重要的作用，可改善生产环境的卫生状况、提高药品安全质量。
在药品生产厂区，臭氧消毒的作用主要表现在以下几方面——
1.非净化车间的空气消毒
由于某些原因的存在，有的制药厂的某些生产环节没有安装净化设施，但这种车间内也存在微生物污染。在这种情况下，使用臭氧消毒，可起到良好的净化车间的作用。
在车间内安装臭氧发生器，要根据车间体积大小、车间含菌量、车间卫生要求、上下班时间等因素来综合考虑臭氧发生量，并以此选用相应规格的臭氧消毒机：既不能选得太大，也不能选得太小。选得太大，会造成浪费；选得太小，又达不到消毒效果。
2.药品生产器具表面的消毒
药品生产所用的工器具表面如果很肮脏的话，这些物品表面会沾染大量的细菌、霉菌、酵母菌以及病毒等微生物，会导致药品发霉变质，影响药品安全质量和病人的健康。消费者服用这种药品，非但不能治病，反而会惹来更多的疾病，有时甚至会断送生命。
为了保障药品安全质量，有必要对药品生产所用的不锈钢桶、框子、搅拌器、托盘、勺子、盆子等进行杀菌消毒，可使用臭氧气体或臭氧水对这些工器具消毒。
3.净化车间的消毒
药品生产对车间卫生环境的要求极为严格，在关键工序都要对空气进行净化，净化车间就是在这种背景下诞生的。净化系统采用中央空调管道的形式进行设计安装，以前，不少药品和食品企业使用甲醛熏蒸的方法，对净化系统中的空气杀菌消毒。但用甲醛消毒，存在有害物质残留的问题，对药品安全质量保障和人体健康不利。而使用臭氧消毒，具有杀菌消毒效率高、无残留、无污染、成本低等优点。所以，现在越来越多的药品企业在净化系统中配置臭氧发生器。
在使用时，将臭氧发生器放在空调净化系统的风道中，臭氧随着风道的气流，进入各净化区，对生产车间的空气和生产设备、工器具、包装材料等进行消毒。每天凌晨两点，臭氧发生器自动开机消毒，消毒两个小时之后，自动关机，到了早上八点，车间内的臭氧气体在完成杀菌消毒任务之后，全部分解完。这样操作，就可以保证一天内净化车间内的浮游菌和沉降菌含量达到GMP的要求。
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